Hola, primero bienvenido por aqui

La diferencia es muy simple basicamente, el formato
MAP ademas ser un formato proprio (hay el formato MAP viejo de DIV para MAP de solo
8bits, mientra el formato nuevo de Gemix para
8/16/32bits) es un formato
RAW, ademas de poder ser de cualquier profundidad (8/16/32bits) no pierde de calidad (como por ejemplo el formato
JPG con la compresion) a cambio todavia de requerir mas espacio en el disco como tamaño.
Todavia yo te recomiendo usar el formato
FPG (una libreria capaz de contener hasta 999 graficos) que ademas hacerte ganar velocidad en la carga te permite ragrupar un set de sprite en un unico file (el formato es RAW igual que el MAP, todavia en futuro estamos planteando poner soporte de compresion sin perdida de calidad), para eso es suficiente usar el FPG Editor que viene en la beta.
Saludos