He encontrado este artículo en el que recomiendan algunas aplicaciones para pixelart pero lo que no sabía es lo que dice sobre Aseprite, Aseprite cuesta 13 pero puedes conseguirlo gratis si lo compilas tú mismo, en el artículo vienen algunos detalles para hacerlo.
http://www.genbeta.com/imagen-digital/siete-estupendas-herramientas-y-utilidades-online-para-crear-pixel-art
Después, supongo que para estar actualizado debes compilar cada nueva versión que se publica, es la desventaja de no comprarlo, al comprarlo solo lo descargas y listo pero compilando te sale gratis.