Bueno pues ya lo he pillado, al final no era culpa de blender sino de gimp. Gimp cuando abres como capas un monton de imagenes te crea por defecto una capa 0 que es una copia de la primera imagen, y de ahi que se viera el "golpe" lo he probado con interpolacion de todo tipo y quitando la capa que sobra se ve bien.
A ver que tal veis este...